Dotazione della costruzione grezza
Quando la costruzione grezza viene terminata e prima che si proceda al montaggio della tecnica ferroviaria, la galleria di base viene dotata di impianti meccanici ed elettromeccanici. Si tratta di impianti per la ventilazione, l'approvvigionamento di acqua e il drenaggio, ma anche di impianti di illuminazione e climatizzazione per le opere accessorie e gli stabili, le gru, le porte, i falsi pavimenti, le costruzioni metalliche e gli impianti elettrici e antincendio. In massima parte gli impianti vengono installati nei cunicoli trasversali e nelle due stazioni multifunzionali della Galleria di base del San Gottardo, alcuni però anche nelle canne e nelle zone dei portali.
Dotazione dei cunicoli trasversali
In seguito alla dotazione della costruzione grezza, i 176 cunicoli trasversali della Galleria di base del San Gottardo e i 46 cunicoli trasversali di quella del Ceneri devono svolgere diverse funzioni: sono degli spazi protetti per alloggiare i quadri con gli impianti tecnici ferroviari. Per evitare che la temperatura superi 35°C e riduca l'elevata disponibilità e la durata degli impianti tecnici, i cunicoli trasversali sono dotati di ventilazione. In caso di sinistro i cunicoli trasversali servono come via di fuga nell'altra canna. Per questo motivo sono chiusi da porte antipanico e tagliafuoco.
Dotazione delle stazioni multifunzionali e delle opere accessorie
Nelle due stazioni multifunzionali i treni possono passare da una canna all'altra. Queste zone di cambio di binario sono dotate di speciali portoni che normalmente restano chiusi. Numerosi locali tecnici nelle opere accessorie, come per esempio i locali della tecnica ferroviaria, devono essere climatizzati. Per questo motivo sono dotati di impianti di raffreddamento e ventilazione. Una volta in servizio, il pozzo di Sedrun non servirà solo come condotto per alimentare aria fresca alla Galleria di base del San Gottardo. Nel pozzo passano anche diversi cavi della tecnica ferroviaria e una tubazione per approvvigionare di acqua la stazione multifunzionale.
Stazioni di soccorso in caso di sinistro
Le due stazioni multifunzionali di Faido e Sedrun della Galleria di base del San Gottardo sono dotate ognuna di due stazioni di soccorso qualora si verifichino eventi anomali. Le porte di tali stazioni di soccorso svolgono una doppia funzione: da una parte con l'apertura e la chiusura delle porte si può regolare l'afflusso di aria fresca, dall'altra parte servono come porte di fuga.
Aria fresca per le gallerie di base
L'impianto di ventilazione evita che nei sistemi delle gallerie si formi un clima inadeguato e garantisce al personale l'atmosfera necessaria durante i lavori di manutenzione. In caso di incendio nella galleria può aspirare l'aria inquinata e immettere aria fresca.
Nella galleria è importante mantenere un clima ottimale per garantire l'elevata disponibilità e la durata degli impianti tecnici. In estate la temperatura è di circa 36-37°C, in inverno di circa 35°C. La temperatura nella galleria dipende, fra l'altro, dalla temperatura della roccia, dalla temperatura di entrata del treno, dal calore disperso dagli impianti tecnici e dalla temperatura dell'acqua di infiltrazione. Nelle zone di ingresso l'umidità relativa può superare il 70%. Diminuisce nella direzione di marcia (con l'aumentare della temperatura dell'aria) e in corrispondenza dei portali di uscita è di circa il 20-40%.
Evacuazione dell'acqua di infiltrazione e delle acque sporche
Nella Galleria di base del San Gottardo l'acqua di infiltrazione e l'acqua di drenaggio vengono evacuate separatamente. Prima di defluire, l'acqua della galleria viene controllata, se necessario trattata e poi riconvogliata in natura.
Per le acque sporche che si formassero durante il servizio ferroviario nella zona della platea ci sono pozzetti di raccolta ogni 100 m, allacciati a una condotta separata. Le acque sporche sono raccolte in un bacino di ritenzione al di fuori della galleria per essere analizzate.
Nella Galleria di base del Ceneri l'acqua di infiltrazione e le acque sporche non saranno evacuate separatamente. Dato che il flusso di acqua di infiltrazione è molto minore, per il drenaggio è stato scelto un «sistema misto».


